Затем указом царя Михаила отправлены в г.Алатырь в Никольский девичий монастырь. Но постройки монастыря оказался очень ветхими и было принято решение построить новую церковь и келии на новом месте. Вновь возведенный монастырь получил название Киево-Николаевского Новодевичьего, по месту своего предыдущего пребывания сестёр и в отличие от уже существующего в то время в Алатыре Николаевского женского монастыря, который получил новое наименование: Старо-Николаевского женского монастыря.

Императрица Екатерина II удостоила монастырь своим посещением в 1767 году 9 июня и пожаловала монастырю ризы, воздухи и пояс из белой шелковой материи с цветами. На каждой вещи имелся вышитый золотом вензель императрицы. Император Павел Петрович в 1799 году жалует монастырю пахотную землю в количестве 30 десятин. Император Александр Павлович жалует монастырю лесную дачу из удельных дач в количестве 150 десятин.

В 1619-1620 годах строится один из красивейших храмов — деревянный собор Рождества Пресвятой Богородицы. В 1770 году возводится Николо-Знаменская церковь. Духовенство и купечество конца XVIII века серьезно занимается строительством каменных церквей в Алатыре.

В 1779 году в городе строится Казанская (Пятницкая) церковь

В 1923 году монастырь был закрыт. Возрождение началось в 1993 г.