О материальном обеспечении монастырской братии в писцовой книге говорится, что питались они милостыней и жили натуральным хозяйством. К 1723г. за счет вкладов посадских людей Гороховца монастырь владел покосами, около монастыря использовалось «малое число пахотной земли и оная земля градских людей». Очевидно также, что обитель получала пожертвования за поминовение усопших, о чем свидетельствуют сохранившиеся синодики XVIIв., где были записаны роды духовенства и посадских Гороховца, Москвы, Суздаля, роды некоторых князей, дворян, крестьян, а также принявших православие татар.
Однако самостоятельная жизнь обители продолжалась относительно недолго. 26 июля 1723г. Петр I издал указ, по которому Гороховецкий Знаменский монастырь приписывался к Свято-Успенской Флорищевой пустыни и с тех пор выполнял роль подворья. До своего упразднения Знаменская обитель управлялась строителями. Точно известны, по крайней мере, имена четырех из них: Иосиф (1677-1679гг.), Силуан (упоминается в 1685г.), Логгин (упоминается в 1693г.) и Макарий (упоминается в 1716 и 1723гг.). Братия же была всегда малочисленна. После приписки монастыря к Флорищевой пустыни количество насельников первоначально ограничивалось тремя: одним иеромонахом и двумя «бельцами», присылаемыми из Флорищевой пустыни для пения. Но позднее в Гороховецкую обитель стали направляться только наместники, и весь штат монастыря состоял из одного иеромонаха.
К к. XVIII в. ансамбль Знаменского монастыря практически приобрел современный облик. В обители был обустроен 2-х этажный келейный корпус, основание которого было каменным, а второй этаж — деревянным. Монастырь был огорожен каменной оградой. Между 1753 и 1762гг. с запада к Знаменскому храму была пристроена каменная шатровая колокольня, у которой в качестве одной из стен использовалась ранее построенная стена самого храма. С севера к основному храму примыкал придел во имя ап. и ев. Иоанна Богослова с полукруглой апсидой, увенчанный луковичной главкой на барабане. К приделу ап. Иоанна Богослова с северо-запада была пристроена трапезная, переходящая в крытую паперть, к которой в свою очередь примыкала ризница.
На рубеже XIX-XX вв. Гороховецкая обитель привлекла внимание историков искусства, в связи с этим в 1899г. в Знаменском монастыре были проведены серьезные реставрационные работы. Каменная колокольня была отремонтирована и покрыта листовым оцинкованным железом; были обновлены и покрашены все крыши храма; кресты позолочены; были восстановлены фрески и росписи клиросов и пр. Особенно ценным в художественном отношении являлись предметы церковного убранства (немалое количество древних икон); сохранившиеся в монастыре расписные царские врата XVII в.; деревянные подсвечники в форме песочных часов и слюдяные оконницы. Немалый интерес вызвали клиросы храма Пресвятой Богородицы «Знамение», украшенные стихами из «Лествицы» прп. Иоанна Лествичника, каждый стих при этом сопровождался соответствующим изображением.
В советский период монастырь пришел в полное запустение. В 1923г. Знаменское подворье было ликвидировано одновременно с Флорищевой пустынью. Всё имущество было конфисковано, а здания переданы в ведомство Губмузея, который сдавал их в аренду частным лицам и организациям. В 20-х гг. ХХ века в храме размещалась бумажная фабрика, а также склад соломы. Наибольшие разрушения в монастыре произошли в 60-х гг., когда на территории обители располагались отделения совхозов, приспособившие храмовые постройки под скотный двор и склады. В эти же годы была полностью разрушена каменная ограда монастыря.
Иноческая жизнь стала возрождаться в Знаменском монастыре в 1994г., когда обитель была возвращена Владимиро-Суздальской епархии. 24 июня Архиепископ Владимирский и Суздальский Евлогий передал её мужскому Троице-Никольскому монастырю г. Гороховца в качестве скита. Летом 1995 года трудами первого и незабвенного настоятеля Свято-Никольского монастыря игумена Петра начались работы по восстановлению монастырских построек, а уже 6 октября того же года был освящен престол в приделе ап. и ев. Иоанна Богослова. В храме стали совершаться регулярные богослужения. 28 мая 1999г. Знаменский скит был преобразован в Свято-Знаменский женский монастырь и вновь обрёл самостоятельность.
7 марта 2000 года по определению Священного Синода Русской Православной Церкви настоятельницей Свято-Знаменского женского монастыря была утверждена монахиня Раиса (Шибеко Любовь Васильевна). В 2006г. за усердное служение Церкви Божией Матушка Раиса была возведена в сан игумении, а в 2014 г. удостоена права ношения креста с украшениями.
В настоящее время обитель возрождается, в монастыре подвизается более 20 сестер. Полностью восстановлен и отремонтирован основной храм «Знамения» Пресвятой Богородицы, который был вновь освящен в 2003г. Восстановлена монастырская колокольня, откуда разносится по округе звон новых колоколов. Отремонтирован келейный корпус, возведен новый игуменский корпус, дом для трудников, различные хозяйственные постройки и подсобные помещения. Регулярно совершаются богослужения, служащим священником уже много лет является иерей Феодор (Закиров). В обители силами насельниц ведется монастырское хозяйство, построен скотный двор, телятник, ведутся сельскохозяйственные работы, по мере возможности оказывается благотворительная помощь нуждающимся.
Через Гороховец проходит федеральная трасса М7 «Волга». Невозможно миновать город, не заметив скромной белой церкви с золотисто-голубыми куполами. В XVII веке здесь располагалось село Красное. Согласно переписным книгам, в нем имелось две деревянные церкви: первая посвящалась святому Алексию, вторая возводилась в честь Казанской иконы Пресвятой Богородицы. В 1708 году вместо них была построена одна каменная, освященная в честь Казанской иконы Божьей Матери. Как и многие каменные храмы Гороховца, это церковь возводилась на деньги местного благотворителя купца Ширяева. Первичный облик храма отличался от того, что видят сегодня жители и гости города. Уже в XIX веке церковь получила надстройку с пятью небольшими главками. Была пристроена и трапезная. Именно таким предстает храм Казанской Божьей Матери сегодня.
Удивителен тот факт, что в годы гонения на православную веру церковь сумела сохранить свой практически нетронутый интерьер. Службы здесь не прекращались все годы Советской власти. Сегодня это действующий храм Гороховца. В архитектуре церкви явно проглядывается поздний классицизм, основу которого составляет прямоугольная форма здания, увенчанная сферическим куполом. По углам крыши имеются четыре главки. В центре высится восьмигранный барабан с луковичным верхом. Со временем купола церкви потемнели, и медная кровля была заменена на анодированная черепицу из нержавеющей стали. Четыре угловые главки имеют синий кобальтовый цвет, а центральная покрыта анодированным золотом.
Завершает церковный ансамбль высокая колокольня из трех ярусов. Ее звонница обрамлена кокошниками с арочными проемами, а верх венчает конусообразный купол. В церкви сохранился старинный иконостас и внутреннее убранство, хотя оно нуждается в реконструкции. Среди особо почитаемых вещей здесь имеется Казанская икона Пресвятой Богородицы и напрестольный крест с частицами мощей святых апостолов.