Разорение Печенгской обители началось в конце 1920 г. Между Советской Россией и Финляндией был заключён Дерпский (Тартусский) мирный договор, согласно которому Печенга присоединилась к Финляндии. Ликвидированный для Советской России монастырь более 60 лет продолжил свою жизнь на чужой территории. Валаамский старец схиигумен Иоанн (Алексеев), до принятия схимы — игумен Иакинф, в период с октября 1921 года по октябрь 1931 года был настоятелем Трифонов Печенгского монастыря. 30 ноября 1939 года началась советско-финляндская война, которая нанесла большой урон монастырю и братии.

20 октября 1997 года Святейший Синод утвердил Постановление о восстановлении Трифонов Печенгского монастыря и был назначен первый наместник в пос. Печенга.

В 2007 году сгорела Рождественская церковь в Печенге.

В 2009 году началось строительство монастыря на историческом месте упокоения преподобного Трифона в районе посёлка Луостари, и в 2012 году братия переселилась на территорию новоотстроенного монастыря.

С момента создания в 2013 году Североморской епархии и усвоения Правящему архиерею титула Священноархимандрита Печенгского монастыря, основополагающей идеей, вокруг которой должна быть отныне сосредоточена вся монашеская жизнь обители преподобного Трифона, было провозглашено непрестанное молитвенное делание. В Печенгском монастыре совершается ежедневный монастырский круг богослужений. Братия обители принимает на постоянное молитвенное поминовение списки имен, ходатайствует перед Господом о здравии и жизненном благополучии всех тех, кто нам дорог и об упокоении душ наших усопших родных и близких. На воскресную Божественную литургию в Свято-Троицкой церкви монастыря для поклонения верующих выносится величайшая святыня нашего края — старинная икона преподобного Трифона Печенгского чудотворца с частицей его святых мощей.